1800 Der Müller Konrad Boltshauser schenkt der Kirche ein selbstgebautes Orgelpositiv von vier oder fünf Registern, das auf einer Chorempore aufgestellt wird. 1899 Nach einer Kirchenrenovation baut Carl Theodor Kuhn, Männedorf, im Chor eine pneumatische Membranladenorgel mit 10 Registern auf 2 Manualen und Pedal. Diese Orgel wird 1928 revidiert und der Gemeinde Hugelshofen überlassen. 1929 Im Anschluss an eine weitere Innenrenovation baut Orgelbau Kuhn AG, Männedorf, eine grössere, pneumatische Taschenladenorgel mit 14 klingenden Registern auf 2 Manualen und Pedal. Das Werk steht auf einer Nordempore. Aus Platzgründen ist das Schwellwerk auf dem Dachboden untergebracht und klingt durch Schwelljalousien in der Kirchendecke in den Raum. 1975 Nach einer weiteren Kirchenrenovation baut Orgelbau Kuhn AG, Männedorf, eine vollständig neue, rein mechanische Orgel mit 14 Registern auf 2 Manualen und Pedal. V 1994 Revision durch Orgelbau Kuhn AG, Männedorf. 2023 Revision durch Orgelbau Kuhn AG, Männedorf.

Ref. Kirche, Hauptorgel Märstetten TG ____________________________________ Typ: Traktur mechanisch Registratur mechanisch Windladen Schleifladen Baujahr: 1975 Einweihung: 21. Dezember 1975 Orgelbauer: Kuhn AG, Männedorf Manuale: 2 + Pedal Register: 14 Manual I, C - g''', Rückpositiv Gedackt 8 ' Rohrpommer 4 ' Prinzipal 2 ' Quinte 1 1/3 ' Cymbel III 1/2 ' Manual II, C - g''', Hauptwerk Prinzipal 8 ' Rohrflöte 8 ' Oktave 4 ' Sesquialter 2 2/3' + 1 3/5 ' Mixtur IV 2 ' Pedal, C - f' Subbass 16 ' Prinzipal 8 ' Dolkan 4 ' Fagott 8 ' Koppeln, Spielhilfen: - Normalkoppeln I - II, II - P, I - P - Wechseltritte: Mixtur (HW) Cymbel (RP) Fagott (Ped) Stand: 2023

Angelus Hux, Alexander Troehler: KlangRäume - Kirchen und Orgeln im Thurgau, Frauenfeld 2007, S. 322-325 Hauptbild: Christoph Hunri, Bern; Raumansicht: Kuhn AG, Männedorf Bild Spieltisch: Charles-André Schleppy, La Chaux-de-Fonds, Orgues & vitraux Aktualisierung 2023: Evang. Kirchgemeinde Märstetten