1797 Das Kloster wird durch franz. Truppen säkularisiert und als Unterkunft belegt.  Zu dieser Zeit waren 5 Orgeln in der Klosteranlage vorhanden, 1 Hauptorgel und zwei Chororgeln in der Klosterkirche, 1 Positiv im Refektorium und 1 Positiv als Übungsorgel. Eine Orgel, gebaut von Josef Bossart, gelangte in den Grand Temple in La Chaux-de-Fonds, wo diese aber 1919 einem Kirchenbrand zum Opfer gefallen ist. Eine kleinere Orgel wurde nach "Waldenburg" versetzt, es ist aber nicht klar, ob es sich um Waldenburg BL oder um das süddeutsche Waldenburg handelte. 2014 Rekonstruktion einer neuen Chororgel durch Orgelbau Kuhn AG, Männedorf, mit 15 Registern auf einem Manual und Pedal, nach Vorbildern der Orgelbauer-Dynastie Bossart. Die ursprünglichen Orgeln sind zwar nicht mehr vorhanden, doch konnte François Seydoux, Fribourg, anhand ausführlicher Beschreibungen, historischer Unterlagen und Abbildungen im Museum in La Chaux-de- Fonds die Grundlagen für die Rekonstruktion sowohl der Hauptorgel als auch einer Chororgel liefern. 
Klosterkirche, Chororgel Bellelay BE __________________________________  Typ:	Traktur	mechanisch     	Registratur	mechanisch      	Windladen	Schleifladen    Baujahr:	2014 Einweihung:	19. Oktober 2014  Orgelbauer:	Kuhn AG, Männedorf  Manuale:	1	+ Pedal  Register:	15  Manual I, C - c''', kurze tiefe Oktave 	Principal	8 ' 	Bourdon	8 ' 	Salicional	8 ' 	Suavial (ab c')	8 ' 	Octave	4 ' 	Flûte	4 ' 	Flûte bouchée	4 ' 	Quinte	3 ' 	Superoctave	2 ' 	Flageolet	2 ' 	Fourniture  III	2 ' 	Tierce	1 3/5 ' 	Quinte	1 1/2 ' 	Mixture  III	1 1/3 ' 	Tremblant  Pédale, C - a, kurze tiefe Oktave 	Soubasse	16 ' 	 Koppeln, Spielhilfen:     -	Normalkoppel I - P  Stand:  2015 Geschichte
Infos: Dr. François Seydoux, “Bellelay et ses orgues”, Intervalles - Revue culturelle du Jura bernois et de Bienne LXXXIII), Prêles/Bienne 2009.
Orgelprofil  Klosterkirche, Chororgel  Bellelay BE
Orgelverzeichnis Schweiz und Liechtenstein
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