1797 Das Kloster wird durch franz. Truppen säkularisiert und als Unterkunft belegt. Zu dieser Zeit waren 5 Orgeln in der Klosteranlage vorhanden, 1 Hauptorgel und zwei Chororgeln in der Klosterkirche, 1 Positiv im Refektorium und 1 Positiv als Übungsorgel. Eine Orgel, gebaut von Josef Bossart, gelangte in den Grand Temple in La Chaux-de-Fonds, wo diese aber 1919 einem Kirchenbrand zum Opfer gefallen ist. Eine kleinere Orgel soll nach Waldenburg BL versetzt worden sein und dort bis 1956 noch existiert haben. 2014 Historisierender Neubau einer Chororgel durch Orgelbau Kuhn AG, Männedorf, mit 15 Registern auf einem Manual und Pedal, nach Vorbildern der Orgelbauer-Dynastie Bossart. Das Instrument hat eine funktionierende Kalkantenanlage mit zwei Keilbälgen. Die ursprünglichen Orgeln sind zwar nicht mehr vorhanden, doch konnte François Seydoux, Fribourg, anhand ausführlicher Beschreibungen, historischer Unterlagen und Abbildungen im Museum in La Chaux-de- Fonds die Grundlagen für die Rekonstruktion sowohl der Hauptorgel als auch einer Chororgel liefern.

Klosterkirche, Chororgel Bellelay BE __________________________________ Typ: Traktur mechanisch Registratur mechanisch Windladen Schleifladen Baujahr: 2014 Einweihung: 19. Oktober 2014 Orgelbauer: Kuhn AG, Männedorf Manuale: 1 + Pedal Register: 15 Manual I, C - c''', kurze tiefe Oktave Principal 8 ' Bourdon 8 ' Salicional 8 ' Suavial (ab c') 8 ' Octave 4 ' Flûte 4 ' Flûte bouchée 4 ' Quinte 3 ' Superoctave 2 ' Flageolet 2 ' Fourniture III 2 ' Tierce 1 3/5 ' Quinte 1 1/2 ' Mixture III 1 1/3 ' Tremblant Pédale, C - a, kurze tiefe Oktave Soubasse 16 ' Koppeln, Spielhilfen: - Normalkoppel I - P Stand: 2015