Die Kirche wird von beiden Konfessionen genutzt, ist aber keine paritätische Kirche. Die Kirche und damit auch die Orgel sind Eigentum der Kath. Kirchgemeinde, die Ref. Kirchgemeinde geniesst Gastrecht. 1739 Erwähnung einer Orgel eines nicht genannten Orgelbauers. 1908 Bau einer neuen Orgel eines nicht genannten Orgelbauers mit 7 Registern auf 2 Manualen und Pedal (>Disposition). 1973 Umbau der Kirche und Abbruch der Orgel. 1975 Bau einer neuen Orgel durch Orgelbau Walter Graf, Sursee, mit 9 Registern auf 2  Manualen und Pedal (>Disposition). 1993 Revision durch Orgelbau Graf AG, Sursee. 2010 Revision durch Orgelbau Graf AG, Sursee.
Geschichte
Kath./Ref. Kirche St. Maria, 1975 Bertiswil/Rothenburg  LU __________________________________  Typ : Traktur mechanisch Registratur mechanisch Windladen Schleifladen Baujahr: 1975 Einweihung: 20. April 1975 Orgelbauer: Graf AG, Sursee Manuale: 2 +Pedal Register: 9 Manual I, C – g’’’, Hauptwerk Spillpfeife 8 ’ Praestant 4 ’ Mixtur  III 1 ’ Regal 8 ’ Manual II, C – g’’’, Positiv Gedackt 8 ’ Rohrflöte 4 ’ Sesquialter 2 2/3 + 1 3/5 ’ Oktav 2 ’ Pedal, C – f’ Subbass 16 ’ Koppeln, Spielhilfen:     - Normalkoppeln II - I, II - P, I - P Stand:  1973 (bei Abbruch)
Orgelverzeichnis Schweiz und Liechtenstein
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Orgelprofil  Kath./Ref. Kirche Bertiswil/Rothenburg LU