1528 Spuren am Gebäude belegen, dass sich in der Ordenskirche der Dominikaner bereits vor der Reformation zwei Orgeln befinden: eine Schwalbennestorgel über dem ersten nördlichen Pfeiler des Kirchenschiffs und eine Orgel im Chorraum. Beide Instrumente verschwinden in der Folge der Einführung der Reformation in Bern, und zwischen Schiff und Chor wird die noch heute bestehende Trennwand errichtet. Der Chorraum wird profaniert. 1728 Der bernische Rat bewilligt Joachim Rychener, Rupperswil, das Aufstellen seiner auf eigene Rechnung erstellten Orgel auf dem Lettner der Kirche. Das einmanualige Instrument mit 17 Manual- und mindestens 3 Pedalregistern ist die erste grosse Orgel, die nach der Reformation in Bern wieder erklingt. Nachdem sie sich beim Führen des Gemeindegesangs bewährt, wird am 30. April mit Rychener ein Kaufvertrag über 3000 Gulden abgeschlossen. 1754 Umbau der Kirche und Abbau der Rychener-Orgel, welche provisorisch in den Musiksaal im Chor der Kirche versetzt und 1755 an die Stadtkirche Aarau (damals bernisches Untertanengebiet) verschenkt wird. In der Kirche kommt provisorisch ein Positiv zum Einsatz. 1756 Bau einer neuen Orgel mit 16 Registern auf einem Manual und Pedal durch Viktor Ferdinand Bossart, Baar. 1816 und 1821 werden durch den Orgel- und Klavierbauer Suter Reparaturen vorgenommen. 1828 Franz Josef Remigius Bossart vergrössert die Orgel um ein zweites Manual, ein Oberwerk (>Disposition). Dabei erweitert er den Klaviaturumfang um fünf Töne und gestaltet den Prospekt zur noch heute bestehenden Form um. 1837 Mathias Schneider, Trubschachen, revidiert die Orgel und repariert bzw. verbessert die Spieltraktur. 1868 Reparatur durch Johannes Weber, Bern. 1915 Orgelbau Goll, Luzern, baut eine pneumatische Taschenladenorgel mit 50 Registern, 3 Transmissionen und 5 Auszügen auf 3 Manualen und Pedal hinter den Bossart-Prospekt von 1829, der beidseits mit hölzernen Gitterrosten verbreitert wird. 10 Register werden ganz oder teilweise aus der Vorgängerorgel übernommen. Neben einer neuen «Fernstation» mit 6 Registern macht Goll als Fernwerk auch die Register des zweiten Manuals der >Chororgel von 1913 vom ersten und zweiten Manual der Hauptorgel aus spielbar (>Disposition). 1933 Orgelbau Th. Kuhn AG, Männedorf, baut eine neue Orgel mit elektrischen Taschenladen, 57 Registern und 2 Transmissionen auf 3 Manualen und Pedal (>Disposition). Ein viertes Manual steuert nun als Fernwerk sämtliche 12 Goll-Register der >Chororgel. Die seitlichen Gitterroste neben dem historischen Gehäuse werden durch Holzlamellen ersetzt, die die Schwellkästen verdecken. Die Spieltisch-Anordnung entwirft Marcel Dupré, Paris. Der fertige Spieltisch wird im November 1932 im Schaufenster des Musikhauses Krompholz an der Berner Spitalgasse ausgestellt. 1962 Nach einem Umbau der Chorkapelle wird die dortige Goll-Orgel durch ein mechanisches Instrument ersetzt, und das Fernwerk entfällt. Für das nun freie vierte Manual erstellt Orgelbau Goll AG ein schwellbares Echopositiv mit 9 Registern, das zuoberst hinter dem Prospekt platziert wird. Das Instrument zählt damit 66 Register und 2 Transmissionen auf 4 Manualen und Pedal (>Disposition). 1988 Im Hinblick auf die Gesamtrenovation der Kirche wird die Orgel abgebaut. Das Pfeifenwerk wird teilweise für die >neue Orgel wiederverwendet, der Spieltisch gelangt ins Schweizerische Orgelmuseum in Roche VD.