1475 Bau einer Orgel, deren Erbauer nicht mehr bekannt ist. Da auch nach dem Kirchenbrand von 1507 eine Orgel existierte, muss diese den Brand überstanden haben, oder es wurde eine neue Orgel gebaut. 1599 Hans Werner Muderer, Freiburg im Breisgau, errichtet eine neue Lettnerorgel. 1637 Für eine der beiden Orgeln wird ein "aus Augsburg" stammendes Fagottregister bezogen. In welche der beiden Orgeln dieses eingebaut wurde, ist nicht mehr feststellbar. 1753 Viktor Ferdinand Bossard, Baar ZG, baut beide Instrumente zu Barockorgeln um. Für die Lettnerorgel wird sehr viel Material von Muderer weiterverwendet. 1860 Ausführung von umfangreichen Reparaturarbeiten an der Lettnerorgel. 1948 An beiden Orgeln werden starke Holzwurmschäden festgestellt. 1952 Die Lettnerorgel wird ausgeräumt und dadurch unspielbar. Die Windlade und sämtliches Pfeifenwerk wird entfernt und vernichtet. 1996 Die Firma Orgelbau Graf AG, Sursee LU, baut eine neue, mechanische Schleifladenorgel hinter dem Scheinprospekt mit einem Zwischenraum als Stimmgang. Die neue Orgel hat zwei Prospekte, den Scheinprospekt gegen das Kirchenschiff und den eigentlichen Orgelprospekt gegen den Chor. Der Winddruck beträgt 70 mmWS, die Temperierung ist ungleichstufig gemäss Werckmeister. Die normale Stimmtonhöhe entspricht jener der Hauptorgel (a' = 440 Hz bei 15° C).

Informationen: Rudolf Bruhin, Konsulent Bundesamt für Kultur, Basel Hauptbild und Raumansicht: Christoph Hurni, Bern Bild Mönchschor: Klosterhalbinsel Wettingen, Museum Aargau