Der von vorne sichtbare Prospekt ist ein stummer Scheinprospekt. Die eigentliche Orgel steht hinter diesem Scheinprospekt auf dem Lettner. 1475 wurde eine Orgel gebaut deren Orgelbauer nicht mehr bekannt ist. Da auch nach dem Kirchenbrand von 1507 eine Orgel existierte, muss diese den Brand überstanden haben oder es wurde eine neue Orgel gebaut. 1599 wurde von Hans Werner Muderer, Freiburg i.Breisgau, eine neue Lettnerorgel erstellt. 1637 ist für eine der beiden Orgeln ein "aus Augsburg" stammendes Fagottregister bezogen worden. In welche der beiden Orgeln dieses eingebaut wurde, ist nicht mehr feststellbar. 1753 hat Viktor Ferdinand Bossard, Baar ZG, beide Orgeln im Zuge der "Barockisierung" umgebaut. Für die Lettnerorgel wurde aber sehr viel Material von Muderer weiterverwendet. 1860 wurden umfangreiche Reparaturarbeiten ausgeführt. 1948 an beiden Orgeln wurden starke Holzwurmschäden festgestellt. 1952 wurde die Lettnerorgel ausgeräumt und dadurch unspielbar. Sämtliche Teile - bis auf den Scheinprospekt - wurden entfernt und vernichtet. 1996 baute die Firma Orgelbau Graf AG, Sursee LU, eine neue, mechanische Schleifladenorgel hinter dem Scheinprospekt mit einem Zwischenraum als Stimmgang. Die neue Orgel hat eigentlich zwei Prospekte, den Scheinprospekt gegen das Kirchenschiff und den eigentlichen Orgelprospekt gegen den Chor. Winddruck: 70 mmWS. ungleichstufige Temperierung gemäss Werckmeister (18. Jhdt.). Stimmtonhöhe a' = 440 Hz bei 15° C, wie die Hauptorgel.

Infos: Rudolf Bruhin, Konsulent Bundesamt für Kultur, Basel Bild Mönchschor: Klosterhalbinsel Wettingen, Museum Aargau.