1659 Die Kirche wurde um 20 Fuss verlängert. Auf der Westempore wurde eine neue Orgel errichtet. 1766: Victor Ferdinand und Carl Josef Maria Bossart bauten eine neue Orgel mit 12 Registern auf einem Manual und Pedal. Die bisherige Orgel wurde nach Auw AG verkauft. 1777: Der schlechte Zustand der Orgel erforderte eine Generalrevision durch Carl Josef Maria Bossart. 1789: Bau einer neuen Chororgel durch Franz Joseph Otter, Solothurn. 1840: Franz Xaver Bloch von Aesch BL führte verschiedene Reparaturen an der Hauptorgel aus. 1841 – 1876: Das Kloster wurde aufgehoben. 1878 Die verbleibenden Schwestern haben den engeren Klosterbezirk wieder zurückgekauft. 1895 Neue Orgel von einem unbekannten Orgelbauer. Vom alten Instrument wurde das Wappen der Äbtissin von Segesser beibehalten. 1973 Durch eine Verfassungsänderung der Bundesverfassung erhielt das Kloster die volle Existenzberechtigung zurück und somit die Möglichkeit, wieder Novizinnen aufzunehmen. 1976 Neue Orgel der Firma Kuhn, Männedorf, 16 Registern auf 2 Manualen und Pedal. Der Orgelprospekt und Teile des Gehäuses gehen zurück auf das 18. Jahrhundert und damit auf die ursprüngliche Bossart-Orgel.